J’ai deux chaudières, une au gaz et une au mazout.

Vais-je être pénalisé, cela aggrave-t-il le niveau du certificat?

Non, il n’y aura pas d’aggravation du niveau de performance énergétique du bien certifié :

on évalue le besoin en chauffage  en fonction de la grandeur de l’habitation et de l’isolation de ses parois extérieures (quelque soit le système de chauffage). 

Puis on tient compte du rendement de la chaudière pour calculer la consommation en carburant (mazout ou en gaz). 

Ici une vieille chaudière avec un mauvais rendement sera pénalisante. 

Si il y a plusieurs chaudières en ordre de fonctionnement, on prendra en compte très principalement le rendement de la meilleure, dénommée système préférentiel.